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SABiosciences公司新近推出了第二代功能分類基因芯片。該芯片基于SABiosciences公司開發(fā)的200多種 Oligo基因芯片（第***代功能分類基因芯片），結(jié)合了實時定量PCR和第***代功能分類基因芯片的優(yōu)點，可在***次實驗中準確定量檢測上百個基因的mRNA水平。
　　SABiosciences公司在第二代功能分類基因芯片的研發(fā)過程中，攻克了從反應體系優(yōu)化到基因準確定量等多方面的技術難點。該芯片不僅克服了實時定量PCR檢測基因表達工作量大、耗時久的缺點，而且將基因芯片的檢測精度提高到了與實時定量PCR相當?shù)乃健?/p>

1、引物設計嚴謹
SYBR Green可與所有的雙鏈DNA反應（包括引物二聚體），為了使擴增反應集中于目的基因，避免非特異性擴增，引物設計成為關鍵因素。為得到單***特異的擴增產(chǎn)物，避免擴增出序列相似的非特異性產(chǎn)物，采用BLAST或者其他比對方法，檢測引物在相應物種（如人，小鼠或大鼠）全基因組中的特異性。為了保證在相同的PCR條件下（特別是統(tǒng)***的退火溫度），不同基因均能擴增出相應的特異性產(chǎn)物，對引物的CG值，解鏈溫度（Tm），以及其他化學和物理的特性都進行了優(yōu)化調(diào)整。為了獲得高擴增效率，對擴增片段的長度也進行了優(yōu)化，***般為100到200bp，確保在統(tǒng)***的循環(huán)反應的時間范圍內(nèi)，不同基因均能擴增出完整片段。
2、反應體系優(yōu)化
為避免非特異性擴增，使用化學修飾的熱啟動Taq酶，只有經(jīng)過熱激步驟，Taq酶才能發(fā)揮擴增活性。同時，反應體系經(jīng)過優(yōu)化，可***大限度減少引物二聚體形成，并且保證較難擴增的片段都得到極高的擴增效率。
3、定量結(jié)果可靠
在標準的96孔PCR反應儀中進行實時定量PCR實驗，為了獲得高通量，無法為每個樣品單獨制備標準曲線。在完全相同的PCR反應條件下，希望表達量不同的多個基因均獲得可靠的結(jié)果，需要確保每個基因都有較高的擴增效率，從而可采用簡單的△△Ct方法計算基因表達量。

SABiosciences第二代功能分類基因芯片
　　第二代功能分類基因芯片與第***代功能分類基因芯片共同之處在于，對基因按照信號通路或者功能進行有目的的分類和篩選，避免了高通量基因芯片因數(shù)據(jù)過多而難以分析的缺點，數(shù)據(jù)分析直接高效。而相較第***代功能分類基因芯片，第二代功能分類基因芯片還具有以下的優(yōu)越性：使用芯片即可達到實時定量PCR的精度，實驗結(jié)果無須再進行實時定量PCR驗證。

　　綜上所述，第二代功能分類基因芯片，由于其靈敏度高，樣品的使用量低，每張芯片使用的總RNA***少可為0.5ng；可觀察到的動態(tài)線性范圍超過105，可以同時檢測表達量差異較大的基因；Ct值的平均差異只有0.25個循環(huán)，可檢測超過兩倍的基因表達量變化。因此，第二代功能分類基因芯片是研究特定信號通路或者***組功能相關基因表達量的理想方法。